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10×Genomics|單細胞轉錄組之樣品預處理

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10×Genomics|單細胞轉錄組之樣品預處理

發布日期:2020-09-11 作者:程偉 點擊:

前面我們簡單介紹了10×Genomics單細胞總體,今天我們來詳細講解講解單細胞整個實驗流程。

我們想要做成功的完成一個單細胞的實驗,并不是那么的容易,10×Genomic平臺捕獲單細胞要求細胞無粘連(成團率<5%)、細胞活性不低于85%,不然可能得到的實驗背景較深,影響Z終的分析結果。如果是培養的新鮮細胞,完成一個單細胞捕獲實驗那成功率杠杠的image.png!


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解離較好、無粘連細胞懸液


但是,實際情況是,我們在實驗過程中,有可能需要將細胞進行處理,不同處理得到的細胞可能生長周期不一樣,或者因為其他原因,導致我們一批實驗細胞不能同時達到生長的Z佳狀態,因為,我們可能會對細胞進行凍存處理,那么問題來了,凍存后的細胞復蘇后活性可能較低,實驗難度加大。

10×Genomics公司網站上針對不同的細胞類型,給出了不同的處理推薦


2.png


而組織樣本與細胞樣本不一樣,組織樣本需要先解離掉一些不需要的組織,然后將組織消化成單細胞懸液狀態,在處理過程中,要保證處理的單細胞懸液中無雜質,無大于 40μm 的細胞碎片或其他顆粒物,一些樣本還需要去紅細胞。而且組織樣本也有可能有新鮮的組織或者凍存組織。

10×Genomics單細胞實驗目前應用較多的是在臨床上。而我們知道,臨床樣本非常珍貴,獲得不容易,保存更難。

10×Genomics官網上,已經給出了部分組織樣本的預處理方法,但是臨床樣本多種多樣,不同的組織預處理方法不同。


愛基百客生物在10×Genomics官網公布的步驟基礎上,實驗了更多的樣品預處理,有需要樣品預處理步驟的老師,可以聯系我們查詢是都有對應樣品的操作步驟!


神經細胞、脂肪細胞等是公認的難處理細胞,不能或者說很難直接處理成單細胞懸液,這個時候,我們做的更多的是將樣本組織處理成單核狀態,做單核轉錄組snRNA-seq實驗。


愛基百客專注表觀實驗,有豐富的提取細胞核經驗,并且植物新鮮、凍存樣本都能提取到雜交較少甚至無雜質的純凈細胞核。


3.png

解離較好、幾乎無雜質的細胞核懸液


目前,愛基百客生物在以往不同表觀實驗的經驗上,試驗了不同樣品的細胞核提取方法,除了在一些常規新鮮或凍存細胞、新鮮或凍存組織樣本上,還在很多植物樣本中處理成細胞核懸液,如水稻、泡桐、鐵線蓮、蝴蝶蘭、月季、擬南芥、玉米、粉蕉、番木瓜、棉花,還有一些真菌樣本如疫霉菌、鐮刀菌,同時也在脂肪組織中尤其是豬板油這種油脂非常厚的樣本中成功試驗了細胞核的提取。

當然,我們還會繼續解鎖更多樣本的預處理流程,歡迎各位感興趣的老師聯系咨詢,我們將不遺余力的為您阻力科研研究,為科技的發展貢獻自己小小的心意!

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關鍵詞:10×Genomics,單細胞轉錄組,scRNA-seq

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