您好!歡迎來到武漢愛基百客生物科技有限公司的官方網站!

表觀組學技術服務

新聞分類

產品分類

熱門關鍵詞

聯系我們

武漢愛基百客生物科技有限公司

電話:027-87606602(市場部)  

          027-62431231(行政部)

Q Q : 270105245   465436937   

         1511879086   812115916

傳真:027-87606602

郵箱:support@igenebook.com

地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物園高農國際1棟  

網址:www.oyuncash.com


打破舊思維,細菌ATAC-seq展示細菌基因組開放區域特性

您的當前位置: 首 頁 >> 新聞中心 >> 文獻解讀

打破舊思維,細菌ATAC-seq展示細菌基因組開放區域特性

發布日期:2021-05-20 作者:程偉 點擊:

QQ截圖20210520102139.png
細菌ATAC,你知道么?

在我們常規的認知里,ATAC-seq實驗首先需要提取樣本完整的細胞核,之后再用Tn5轉座酶對核小體區域進行切割。細菌沒有完整的細胞核,只有被稱為擬核的區域,常規的提核步驟對細菌也不適用。另外,細菌的基因組較小,很難將細菌的基因表達調控與染色質開放區域結合。但是今天我們要分享的文章里,作者開辟性思維將細菌與ATAC結合進行新視角解說細菌的基因調控。

本文是分享的美國斯坦福大學研究者發表在預印本bioRxiv上題為ATAC-seq reveals megabase-scale domains of a bacterial nucleoid的文章。

1.png


作者有很多開創性思維點,首先是實驗部分,因為細菌沒有核小體包裹組成的細胞核,所以作者將甲醛交聯應用在了本實驗中。為什么有此步驟應用,作者給出了理由:一些細菌中已經報道了細菌中存在一些約100 kb的高度自我互作區被稱為chromosomal interaction domains (CIDs)。通過甲醛交聯,這些互作區形成蛋白核酸結合區域,不會被Tn5酶進行切割。在分析階段,細菌的ATAC測序結果不能也得不到常規真核生物的測序結果(如核小體分布pattern,較好的TSS分布圖,motif預測等等)。文章里作者將染色體開放區域Chromosomal Accessibility Domains (CADs)與細菌染色體互作區域chromosomal interaction domains (CIDs)結合分析,對比這些CADs與CIDs區域,發現了它們的關聯點。通過Bac-ATAC-seq實驗,作者鑒定出了柄桿菌中有4個Highly Transposase-Inaccessible Transcribed(HINT)regions,對這些區域進行分析,得出了這些HINT區域的基因組可接近區域圖譜。當然,作者也對大腸桿菌進行了同樣的Bac-ATAC-seq測序及分析,對比了柄桿菌和大腸桿菌開放區域及組成,發現了它們的相同與差異,如柄桿菌和大腸桿菌中基因組非開放區域與轉錄活性的相關性不高(R2=0.070),還有非開放區域主要是一些核糖核蛋白。


2.png

細菌的基因表達調控主要以操縱子的形式進行調控,作者也對一些基因的操縱子區域進行了圖譜展示。
3.png


想要了解更多細節,大家可以移步翻閱文章全文:
1. ATAC-seq reveals megabase-scale domains of a bacterial nucleoid(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.09.426053v1)
2. Dynamic landscape of protein occupancy across the Escherichia coli chromosome(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.924811v3)

想要嘗試細菌ATAC技術,掃碼聯系區域經理吧

銷售1.png

銷售2.png

銷售3.png

銷售4.png

銷售5.png  



本文網址:http://www.oyuncash.com/news/586.html

關鍵詞:ATAC-seq,開放染色質,細菌ATAC

Z近瀏覽:

聯系我們

企業名稱:武漢愛基百客生物科技有限公司

電話:027-87606602(市場部)  027-62431231(行政部)

Q Q :  270105245   1511879086  

          465436937   812115916

傳真:027-87606602

郵箱:support@igenebook.com

地址:武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物

          園高農國際1棟  

網址:www.oyuncash.com


熱推產品  |  主營區域: 江蘇 天津 武漢 上海 北京 湖北
  • 在線客服
  • 聯系電話

    027-87606602

  • 在線留言
  • 官方微信
  • 在線咨詢
    歡迎給我們留言
    請在此輸入留言內容,我們會盡快與您聯系。
    姓名
    聯系人
    電話
    座機/手機號碼
    郵箱
    郵箱
    地址
    地址
    性色a∨人人爽网站-国产曰本清纯av无码不卡-色妞网-韩国19禁a片在线播放