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10×Genomics單細胞ATAC-seq技術簡介

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10×Genomics單細胞ATAC-seq技術簡介

發布日期:2021-06-18 作者: 點擊:

  18年年末,10×Genomics正式推出了單細胞ATAC-seq產品及實施方案,這是目前一個成熟的單細胞表觀基因組特征的商業化解決方案,為探索細胞發育的機理機制、深入了解疾病的診斷和治療提供便利。


  1、ATAC-seq技術


  ATAC-seq(染色質開放性測序技術,Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通過轉座酶研究染色質開放性的高通量測序技術。眾所周知,染色體絕大部分區域是緊密折疊的,僅有一小部分比較松散,而這部分松散(開放、易接近)區域往往是轉錄發生調控區域。ATAC-seq技術利用轉座酶將接頭序列插入在基因組的開放區域,然后通過高通量測序便可以獲得轉錄因子等轉錄調控的關鍵信息。


  2、單細胞ATAC-seq


  單細胞ATAC-seq,顧名思義就是從單細胞水平上研究染色質開放性,已經被廣泛應用于多個研究領域,例如:腫瘤異質性研究、基因調控網絡分析、細胞譜系示蹤、生物標記物發現


  3、單細胞ATAC-seq發表情況


  根據Web of Science搜索“single cell ATAC”關鍵詞獲得的引文分析結果,從出版年統計可以看出18年單細胞ATAC-seq文章發表數目驟增。從出版期刊統計(Top25)可以看出目前單細胞ATAC-seq主要發表在Nature、Cell等頂級期刊上。

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  4、10×單細胞ATAC-seq技術路線


  首先利用轉座酶孵育細胞核,形成片段化DNA;其次利用“雙十字”微流體系統形成單細胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此時每一個GEM中10×Barcodes序列是相同且特異的(Barcodes被密集連接在Gel bead上,通過Barcodes序列可以區分不同細胞核);然后凝膠珠溶解,細胞核破裂,片段化DNA同10X Barcodes序列連接;Z后油層破裂,DNA片段釋放出來,后續進行Illumina文庫構建和測序,獲得每一個細胞的染色體開放區域序列信息。


  5、10×單細胞ATAC-seq技術優勢


  作為單細胞測序的一個重要里程碑,10×Genomics ChromiumTM實現了真正意義上的單個細胞測序。10×Genomics單細胞ATAC-seq技術和相關知識產權來自于收購Epinomics公司,而Epinomics公司是由ATAC-seq技術的主要創建者斯坦福大學醫學院的教授Howard Chang等人創立的。10×Genomics單細胞ATAC-seq技術具有許多其他平臺無法比擬的優勢,例如:


  通量大,8通道微流體系統,每一個通道可以處理500-10000個細胞核,效率高,細胞核捕獲率超過65%,線粒體序列污染低,GM12878細胞系測試結果小于2%,兼容性高,10×ATAC文庫可同時兼容NovaSeq,HiSeq,NextSeq和MiSeq等平臺,樣品涵蓋范圍廣,可以處理細胞系、原代細胞、新鮮樣品和凍存樣品,結果展示方便,10×官方提供Loupe Cell Browser可視化交互軟件

本文網址:http://www.oyuncash.com/news/595.html

關鍵詞:10×Genomics,10×Genomics單細胞

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