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單細胞轉錄組,選擇scRNA-seq or snRNA-seq

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單細胞轉錄組,選擇scRNA-seq or snRNA-seq

發布日期:2021-06-18 作者: 點擊:

單細胞測序scRNA-seq作為近幾年生物及醫學研究的熱門技術,其中單細胞解離是這技術中Z為關鍵的第一步,卻也是影響因素Z大的一步。原因如下:

1、細胞解離會導致某些細胞類型丟失

組織是由各種細胞類型有機結合在一起而發揮功能作用的,這些不同的細胞類型相互結合的方式也不同,因此在解離過程中不同類型細胞在解離效率上存在差異。如與免疫細胞相比,成纖維細胞和內皮細胞更多嵌于細胞外基質和基底膜中,因此更難以分解;同時一些較為敏感的細胞可能會因為解離過度而破碎。

2、 不適用于含大細胞的樣本類型

目前單細胞測序平臺對單細胞體積有限制,而某些類型細胞的體積則超此條件,如心肌細胞、骨骼肌細胞和脂肪細胞,這些細胞的共同點均是“大”,這類樣品不適合scRNA-seq。

3、 解離過程誘導應激基因的表達

常用于scRNA-se的細胞懸液制備方法是熱酶解法(37℃解離),此條件實際上等同于對細胞施加了刺激,誘導某些基因表達,導致獲得的數據無法真實的反應細胞轉錄狀態,數據可靠性降低。

4、 僅適用于新鮮組織樣本

scRNA-seq對要求是活的細胞懸液,只適用于新鮮組織,意味著冷凍保存的樣本無法進行scRNA測序。


基于以上列出的scRNA-seq的局限性,snRNA-seq開始在一些研究中被廣泛應用。

1、scRNA-seq受限的組織類型

有些組織單細胞解離困難,還有些組織的細胞體積過大,這類樣品不得不選擇snRNA-seq。如心臟、腎臟、肌肉、胰腺、脂肪、視網膜和血管等。

2、適用樣本類型豐富,操作步驟相對簡單

由于核膜穩定性比細胞膜高,因此組織凍存后細胞核膜不會被破壞,因此凍存組織可以提核做snRNA-seq,極大提高了單細胞測序的樣本類型豐富度。并且提核過程操作是研磨破碎和純化,所有操作步驟相對簡單,降低了細胞核損耗。

總結

snRNA-seq相比scRNA-seq在樣本豐富度上更有優勢,不再僅局限于新鮮樣本,也適合與一些難解離樣本,同時開拓了凍存樣本的利用,越來越多的研究者選擇利用snRNA-seq來進行單細胞測序研究。

本文網址:http://www.oyuncash.com/news/596.html

關鍵詞:單細胞技術

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