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科普篇|如何查找參考基因組信息

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科普篇|如何查找參考基因組信息

發布日期:2021-07-23 作者:張蔚 點擊:


很多老師會發現,高通量測序后需要生信分析的過程中,需要填寫一個信息分析表。而信息分析表中有一個對生信分析很重要的信息——基因組文件及注釋文件。通常這類文件我們都是需要老師提供對應的下載鏈接,以便于生信直接利用這個鏈接去下載數據進而做分析,這樣做的目的主要是為了避免公司分析使用的基因組信息不是老師研究的物種(同一物種不同屬有不同的基因組)或者研究的版本(基因組版本經常會更新,但是不同版本的注釋文件略有差異,盡量不要用來進行聯合分析)。因此,老師自己去尋找對應的基因組注釋信息以及提供對應的下載鏈接就顯得很重要啦~而這類信息很多老師都不知道該怎么去尋找并提供。

參考基因組的注釋信息通常需要基因組文件(genome.fa)、基因結構注釋文件(gene annotation.GFF)以及蛋白注釋文件(pep.fa)。在此,愛基百客基于比較常見的數據庫NCBIEnsembl,對參考基因組注釋信息的查找做了一個簡單的介紹,有需要的老師可以參考一下。




01

NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

以人(human,homo Sapiens)為例

1、打開NCBI,在搜索欄輸入homo Sapiens(或human,優先選拉丁名),Database選擇genome,點擊search。

1.png


2、在搜索頁面,通過上方的注釋信息找到對應的注釋文件

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3、信息分析表中需要3個注釋信息

1)基因組文件(genome.fa):

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2)基因結構注釋文件(gff):

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3)蛋白注釋文件(pep.fa):

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4、請將對應文件的下載鏈接填寫在表格中,,以“genome”為例,右鍵“genome”,在小窗中選擇“復制鏈接地址”。此時下載鏈接已復制,隨后將復制好的鏈接粘貼進表格內即可。

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某信息分析表參考基因組注釋示例:

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以動物的頁面為例:

1、打開Ensembl官網,像人、小鼠和斑馬魚這類的常用模式物種,我們可以直接點進去查看基因組信息。

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2、若ensembl數據庫中有收錄我們要查找的物種基因組,點擊view full list of all Ensembl species,我們可以在list中找到我們關注的物種。

2-2.png

3、也可直接在搜索框搜索(拉丁名)

2-3.png


4、很多物種擁有不止一個基因組版本,不同基因組版本可能來源于不同的基因組項目,或對應不同的亞種,進入相應物種頁面之后,我們可以進入到不同的基因組鏈接中進行查看,例如人不同株系的細胞,也是需要在該位置點擊株系列表瀏覽。

2-4.png


5、在找到具體物種基因組后,需要接著找到其對應注釋信息,以homo sapiens為例:

1)基因組genome.fa

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2)基因結構注釋文件gff

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3)蛋白注釋文件pep.fa

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2-11.png

6、同樣將復制的鏈接地址粘貼進信息分析表中。


后記

       由于生信分析需要參考基因組信息,而正確的參考基因組鏈接對生信進行數據的下載以及后續的分析極為重要,因此,老師提供正確的參考基因組下載鏈接是很有必要的。

       在愛基百客的信息分析表附錄中,會包含部分物種是我們已經收錄的,如包含老師想研究的物種及對應版本,可直接將附錄中的鏈接復制粘貼進信息分析表的表格中。若沒有老師想研究的物種及基因組版本,或老師有額外想要提供的其他參考基因組信息時,為避免產生因后續多次溝通基因組信息從而拉長生信分析周期等問題,請務必粘貼正確的“genome.fa;genome.gff以及pep.fa”文件的下載鏈接。

       除“NCBI”和“Ensembl”數據庫外,有時候還會有一些其他的數據庫,如“TPIA”、“Phytozome”等,也是可以提供對應基因組注釋信息的。老師們只要把對應正確的參考基因組注釋文件的下載鏈接復制粘貼進信息分析表的表格,我們就可以進行下載分析。

祝各位老師科研順利~



本文網址:http://www.oyuncash.com/news/600.html

關鍵詞:參考基因組,NCBI,Ensembl

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