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ChIP話題|ChIP之NGS建庫

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ChIP話題|ChIP之NGS建庫

發布日期:2021-08-18 作者:程偉 點擊:

大家都知道愛基百客的ChIP實驗做的比較好,實驗經驗也是非常多的(5000+的ChIP-seq成功經驗),實驗外包,給愛基100%放心。隨著表觀技術的發展,表觀技術越來越受到科研工作者的關注與青睞。市場上也有很多成熟的建庫試劑盒在售賣,本著為科學貢獻的原則,愛基百客一直在努力與各位老師分享ChIP實驗中的各種技術要點、躲坑秘籍,前面介紹了特別多,大家如果感興趣可以回顧看看。

今天我們要分享的是ChIP實驗中的NGS建庫,很多老師可能要說,這個建庫有什么難的,不就是常規的DNA建庫么,本質沒區別啊,但是真的沒區別么?

雖然ChIP建庫,Z后獲得的是片段化的DNA,所以理論上講,它就是DNA建庫,所以我們也會發現,很多公司ChIP建庫收費很便宜,因為它們就是用普通的DNA建庫試劑盒來建庫。如果老師去對比ChIP專用建庫試劑盒和一般的DNA建庫試劑盒,也會發現ChIP專用建庫試劑盒的價格貴了很多倍不止,那么,這兩者的差別在哪里呢?

首先給大家看看市場上ChIP建庫試劑盒的說明吧!

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從這里我們可以看到,ChIP專用建庫試劑盒針對低起始量DNA,并且ChIP的產物一般純度都不太高,需要活性非常好、對DNA純度要求稍微低一點的酶進行實驗??戳薈hIP專用建庫試劑盒,再來看看常規的DNA建庫試劑盒吧:

00.png

這里可以看到常規DNA建庫試劑盒起始量都要求比較高,當然了,也有DNA微量建庫試劑盒,但是成本肯定比這個試劑盒高了,并且常規的DNA建庫試劑盒對DNA的質量要求也是非常高的,不能有有機試劑殘留,不能有蛋白、RNA污染。

也許有老師說,不就是起始量高低的問題嗎?只要能建庫成功不就可以了。這里我想說的是,如果能盡可能低的PCR循環數建庫成功也是可以的啊,但是很多時候,我們可能為了達到以下目的:1)建庫成功;2)達到測序濃度從而增加了PCR循環數,PCR循環數越高,人為引入的PCR偏好性導致的差異就越大(偏好性導致樣本會不均一擴增,即有的擴增多,有的擴增少,從而導致偏差),這樣更容易引入假陽性結果。

愛基百客生物測試了市場上大部分的建庫試劑盒,對不同試劑盒產生的差異有深刻的體驗感,尤其是做轉錄因子的ChIP實驗時,更需要ChIP專用建庫試劑盒,不然辛辛苦苦作為前期實驗,后面建庫失敗了,這失落感相信不用我多說。

做ChIP,找愛基,疑難樣本ChIP,更要找愛基!


END


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關鍵詞:ChIP,NGS建庫,ChIP建庫

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