武漢愛基百客生物科技有限公司
電話：027-87606602(市場部)
027-62431231(行政部)
Q Q : 270105245 465436937
1511879086 812115916
傳真：027-87606602
郵箱：support@igenebook.com
地址：武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物園高農國際1棟
網址：www.oyuncash.com
單細胞實驗除了有單細胞轉錄組、單細胞ATAC、單細胞CUT&tag、單細胞TCR/BCR、單細胞甲基化、單細胞基因組等，多個組學聯合實驗及分析一直是人們應用的主題，并且也有很多單細胞多組學文章的發表，但是對于大規模細胞實驗，鑒于成本考慮，能選擇的多組學不多。
商業化的多組學應用莫過于scRNA+scATAC技術。
在scRNA+scATAC技術聯合上，也有一段發展歷程，Z初人們進行技術聯合時，主要是單獨進行scRNA-seq和scATAC-seq實驗，得到兩組分別實驗的數據，之后再對兩組數據進行整合分析，分析策略上也有很多人進行軟件開發應用，但是大致思路是基于這樣的前提：
1、開放染色質區域與基因表達呈現正相關；
2、染色質開放促進基因表達；
3、非啟動子區域的開放性被丟棄；
基于這樣的聯合分析，將scRNA的每個細胞的基因表達與scATAC的每個細胞的開放染色質狀態進行一一對應，以此來進行細胞關聯，得出同一細胞的基因表達和開放染色質狀態，但是有一些細胞沒有辦法進行對應或者對應的細胞是錯誤的。
考慮到這樣的情況出現，10x Genomics公司進行了技術革新，推出了Chromium single cell multiome ATAC+ Gene expression的策略，在同一beads上含有捕獲mRNA的探針和捕獲tn5特異序列的探針，這樣在實驗層面上就能解決同一細胞來源問題。
這樣在分析時，可以根據barcode信息就能知道基因表達情況和開放染色質情況來源于哪個細胞，很好的解決了之前的爭議部分。
有意思的是，基于這樣的思路進行的實驗，后續分析時發現，轉錄因子并不只是促進基因的表達，有可能會降低基因的表達，這樣的數據整合，就能知道在細胞異質性調控過程中，關鍵轉錄因子的更具體調控機制：促進哪些基因的轉錄、抑制了哪些基因的轉錄，再對這些基因進行功能注釋從而進行了解其參與調控通路，perfect！
在實際實驗過程中，Z好是選擇scRNA-seq+scATAC-seq同時實驗的策略么？
也不是的，得具體根據老師的經費考量來進行。我們要知道，scATAC-seq技術在實驗時是首先提取細胞核，在進行tn5酶切孵育，孵育之后在進行上機單細胞捕獲，這時，樣本tn5酶切是否充分不到Z后文庫構建是不得而知的。這樣一次實驗同時捕獲scRNA數據和scATAC數據時，如果scATAC實驗因為tn5酶切原因導致實驗失敗，那么scRNA-seq的結果也造成了浪費。再者，老師如果關系細胞質中的轉錄本信息，那么一次實驗同時捕獲的策略也不適用。
另外，從文庫結構上，單獨進行scATAC實驗時，scATAC的文庫結構如下：
在i5端，10x barcode長度為16 bp，基于目前國內測序平臺主要以Illumina公司的nova 6000為主，價格上也是nova 6000更有優勢，有些測序公司也會去嘗試調整i5端16 bp index長度的策略將scATAC文庫與其他文庫混合后在nova 6000上進行測序，這樣整個文庫測序價格也能夠更低（畢竟單細胞實驗單個樣本的測序量都不低）。
而同時實驗時，scATAC的文庫結構如下：
在i5端，10x barcode+spacer的長度就變成了24 bp，即在測序時，我們需要將i5端index長度調整為24 bp，目前nova 6000上除非直接整條lane都來測scATAC的文庫，不然只能選擇其他平臺進行測序，那么整個測序價格也會更昂貴。
怎么選擇實驗策略大家了解清楚了么？
不同型號顯微鏡進行懸液質控：普通光學顯微鏡、熒光顯微鏡、熒光計數儀；
配備組織解離儀、流式分選儀，滿足不同樣本懸液制備需求；
大的服務器集群，可并行處理125個樣本的單細胞數據；
優秀的單細胞專業實驗人員及單細胞生信分析人員，負責單細胞個性化實驗及單細胞個性化分析需求；
scCUT&tag獲武漢市科技局創新項目資助。
企業名稱：武漢愛基百客生物科技有限公司
電話：027-87606602(市場部) 027-62431231(行政部)
Q Q : 270105245 1511879086
465436937 812115916
傳真：027-87606602
郵箱：support@igenebook.com
地址：武漢市東湖高新區高新大道888號高農生物
園高農國際1棟
網址：www.oyuncash.com
在線咨詢
