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ATAC-seq材料介紹及相關介紹

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ATAC-seq材料介紹及相關介紹

發布日期:2021-09-15 作者: 點擊:


ATAC-seq

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing(ATAC-Seq)即利用轉座酶探究可接近性染色質高通量測序技術。通俗來說就是利用轉座酶來獲取開放性染色質,再通過高通量測序及生物信息學分析來挖掘相關基因信息,以此探究生物學相關問題。



Q:為什么研究染色質開放區域?


A:染色質分為常染色質和異染色質,在結構上常染色質折疊壓縮程度低,處于伸展狀態,DNA復制,基因轉錄都發生在DNA的致密高級結構變為松散的狀態;這部分打開的染色質,就叫開放染色質(open chromatin)。而打開的染色質,就有足夠的區域允許一些調控蛋白(比如轉錄因子和輔因子)過來與之相結合。而染色質的這種特性,就叫做染色質的可接近性(chromatin accessibility)。通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。 


     


Q:如何尋找開放的染色質區域?


A:傳統使用的的實驗方法主要是有MNase-seq和DNase-seq ,這兩種實驗方法的主要思路是:染色質變得開放,就意味著DNA和組蛋白的聚集程度降低,就會有一部分DNA暴露出來。而一旦失去了蛋白質的保護,這部分DNA就可以被DNA酶(MNase或DNase I)所切割。然后,我們再把切割完的DNA拿來測序,和已知的全基因組序列相比較,就能發現被切割的是哪些序列,沒有被切掉的基因序列又在哪里,就知道開放的染色質區域在哪里了。不過,這兩個方法有明顯的缺陷,即耗時費力與重復性差。雖然FAIRE-seq 不依賴酶和抗體,但其檢測背景較高,測序信噪比低,甲醛交聯時間不好把握等缺陷。


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ATAC-seq

Q:有什么新技術方法來研究開放染色質?


A:新推出的ATAC-seq利用Tn5轉座酶(DNA轉座,是一種把DNA序列從染色體的一個區域搬運到另外一個區域的現象,這一過程就由轉座酶參與完成。Tn5轉座酶:“標簽片段化工具”,Tn5轉座體可將其銜接子負載整合到可接近的染色質區域,而空間位阻較不可接近的染色質使得轉座不可能發生。)人為將將攜帶已知DNA序列標簽的轉座復合物,加入到細胞核中,再利用已知序列的標簽進行PCR建庫測序,就知道哪些區域是開放染色質了。ATAC-seq出來的結果,和傳統方法出來的結果具有很強的一致性,同時也和ChIP-seq有較高的吻合程度。而相比較而言,ATAC-seq的重復性,比MNase-seq和DNase-seq的更強,操作起來也更加簡便,而且只需要很少的細胞/組織量,同時測序信號更加好。目前已經成為研究染色質開放性首選的技術方法。

本文網址:http://www.oyuncash.com/news/613.html

關鍵詞:ATAC-seq

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