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ChIP Spike-in 了解下

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ChIP Spike-in 了解下

發布日期:2021-11-26 作者: 點擊:

染色質免疫共沉淀(ChIP-seq)實驗被廣泛用于確定整個基因組中任何感興趣的蛋白質的結合位置,包括轉錄因子、RNA聚合酶以及有或沒有各種修飾的組蛋白。實驗時,通常情況下是研究一種細胞類型和一種特定條件下蛋白質的結合位置,但是原則上來說,并沒有限制幾種細胞類型、組織或者實驗條件。當然,實驗時,如果真的需要比較不同細胞類型、組織和條件下蛋白質的結合情況,需要將結果進行標準化。常規的標準化方法是使用分位數歸一化方法,這種方法在探究蛋白質在全基因組中的結合位點時使用良好,但是一旦進行差異比較時,顯得劣勢。這時候,sample-to-sample標準化步驟就顯得格外的重要。由此隆重推出本次的 ChIP Spike-in。

什么是ChIP spike-in?

ChIP Spike-in的是一個ChIP實驗中,加入已知外源的染色質和已知的外源抗體用于整個實驗質控及標準化。Z常用就是加入果蠅的染色質抗體。


為什么要做ChIP Spike-in呢?

使用spike-in內參可以減少假陽性的結果。具體方法是在每個處理樣本中加入相同比例的參照樣本。加spike-in重復間的相關性明顯增強。具體的見下方圖示:

image.png

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圖:在ChIP實驗中,添加spike-in和不添加spike-in時結果的差別


ChIP spike-in的技術優勢有哪些呢?

ChIP Spike-in 優勢

1、 減少技術誤差效應

2、 檢測標準ChIP分析無法觀察到的細微生物學差異

3、 是否可以無偏差應用于不同的抗體和樣本


ChIP spike-in的實驗流程?

給大家展示一個示意圖,就能夠一目了然了。

image.png

圖:ChIP spike-in流程示意圖,human為spike-in樣本


好了,今天ChIP spike-in就聊到這里了,不要問我們做不做ChIP spike-in,問不問我們都做的。對于一個ChIP技術熟練到家的資深ChIP戶,只要與ChIP技術相關,有啥不闊以的捏。



END



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本文網址:http://www.oyuncash.com/news/621.html

關鍵詞:ChIP,ChIP-seq,spikein

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