武漢愛基百客生物科技有限公司
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就目前我們的植物單細胞的分析經驗來看，想做植物單細胞，并且能有好的結果，不是一個簡單的事情。
首先，植物單細胞選擇原生質體or細胞核，是一個大問題。原生質體的制備雖然已經有很多科學家探索，并且能夠有效的制備，但是原生質體就一定好么？這個問題我們后面會來進行細講。
其次，就是我們做好了單細胞實驗，測序數據下機后，如何能保證后續分析是你想要的呢？這個才是對于是否有想要的結果的一個關鍵點。
2020年發表在molecular plant雜志上的文章Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution中，表明了細胞注釋對于數據分析是關鍵的一步，并且是非常重要的一步。在文章中，作者對擬南芥根的scRNA-seq數據與水稻根的scRNA-seq數據進行擬合分析，從擬合結果來看，擬南芥的數據與水稻的數據能很好的擬合。
圖：擬南芥scRNA-seq數據與水稻scRNA-seq數據擬合分析
那么就能說明，擬南芥的細胞特異性marker基因能與水稻的marker基因共用么？如果不是本文的研究，我都要覺得，擬合度這么好的數據，marker基因肯定能共用啦，但是事實是，并非所有marker基因都能共用。
圖：擬南芥中RNA in situ驗證水稻marker基因
基于此，一些非模式生物或者說研究背景不是特別清楚的生物，要做單細胞實驗，不是一件簡單的事情。沒有marker基因，Z簡單的分群后的細胞注釋就不能完成，那又怎么能跟與我們的研究目的掛鉤呢？
如果你研究的是非模式生物，實驗部分的困難交給愛基，妥妥完美解決，從取樣到懸液制備到后續上機以及測序，我們一站式服務，但是到了數據挖掘分析這塊，每個物種都有其研究背景，我們能協助，但是還是得以老師為主，所以，在實驗之前，一定要問問自己，想做植物單細胞，你做好準備了么？
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