武漢愛基百客生物科技有限公司
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真核生物的核DNA纏繞在組蛋白上，形成串珠式的結構，且能進一步折疊、濃聚，并在其他架構蛋白的輔助下，形成染色體。然而DNA的復制、轉錄和修復，是需要將DNA的高級結構解開的。這部分打開的染色質，就叫開放染色質（open chromatin）。而打開的染色質，就允許一些調控蛋白（比如轉錄因子和輔因子）跑過來與之相結合。而染色質的這種特性，就叫做染色質的可進入性（chromatin accessibility）。ATAC-seq全稱Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用轉座酶研究染色質可進入性的高通量測序技術。
技術原理
經過改造后的Tn5轉座酶，優先插入到沒有蛋白保護的DNA區段（Open Chromatin），則該區段有富集，說明其屬于染色質松散暴露狀態，這個區域為轉錄活躍區域。
技術流程
分析流程
技術應用
? 將ATAC-seq和RNA-seq進行整合研究，將會獲得對生物體（動物或植物）中的轉錄調控機制；宏觀分析細胞在該特定時空下整個基因組的轉錄調控網絡；探究不同時期關鍵轉錄因子。
? 通過ATAC-seq定義的open chromatin區域，再結合motif分析，識別哪種轉錄因子參與了基因表達調控。
送樣要求
l 新鮮細胞
細胞培養于培養瓶中，在運輸前灌滿培養基，室溫運輸。
具體要求為：細胞數量>20萬，細胞狀態良好無污染。?
l 凍存細胞?
對培養的細胞進行計數，按照每管5萬個細胞進行分裝，分裝好的細胞 4°C、500 g離心 5 分鐘。小心吸去全 部上清，加入500ul預冷PBS洗滌，4°C、500g離心5分鐘。小心吸去全部液體，將細胞沉淀用液氮進行速凍，干冰運輸。
具體要求:細胞嚴格按照每管 5 萬個分裝，每個樣品分裝三管。?
l 動物組織?
新鮮的組織樣品取到1.5ml EP管中，用液氮進行速凍，干冰運輸。
具體要求:動物組織量應當>1g，并且組織新鮮無降解，無結締組織或血塊存在。
l 植物組織
取新鮮的植物組織，用液氮進行速凍，干冰運輸。
具體要求:盡量選取新鮮的幼嫩組織作為實驗樣品，樣品量應當＞2g。
案例分享
將ATAC-seq和RNA-seq進行整合研究，獲得植物中的轉錄調控機制，探究同源基因調控差異。作者準備了擬南芥，苜蓿，番茄，水稻根尖部位細胞，還有擬南芥的根毛細胞和無根毛表皮細胞等樣本，對這些細胞進行純化后用ATAC-seq技術獲得了開放染色質序列。作者分析了四個物種中根尖細胞中THS (transposase hypersensitive sites)的數目以及到TSS的距離，發現除了番茄每個基因平均的THS數目相比其他三個物種較高，其他數據在不同物種中有較好的一致性。
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