武漢愛基百客生物科技有限公司
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CLIP-seq,又稱為HITS-CLIP，即紫外交聯免疫沉淀結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。近幾年，這項技術也被應用到miRNA靶標鑒定等工作中?？梢酝ㄟ^CLIP-Seq技術來進行miRNA靶基因的篩選。CLIP-Seq方法的應用能夠非常明顯地降低miRNA結合位點的假陽性預測頻率，并且減小miRNA結合位點搜尋空間的范圍，可以在全基因組范圍內鑒定AGO2蛋白在不同RNA上的結合位點。
技術原理
其主要原理是基于RNA與結合蛋白在紫外照射下發生耦聯，以結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質復合體沉淀之后，獲得其中的RNA片段，經添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序，再經生物信息學的分析和處理、總結，挖掘出其特定規律，從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。
技術流程
樣品要求
1、 細胞數≥10^7
2、 商業化ICC/IF抗體
測序策略
SE50
案例分享
選擇野生型鼠傷寒沙門氏菌株SL1344及相關轉Flag標簽菌株的血清，利用CLIP-seq在不同種細菌類型中揭示了基因通過RNA結合蛋白進行翻譯后修飾新機理。
參考文獻：Holmqvist E, Wright P R, Li L, et al. Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo. Embo Journal, 2016, 35(9).
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